Школа представляет собой двухгодичные очные вечерние курсы, которые ведут преподаватели российских и международных университетов. Также студенты имеют возможность пройти стажировку в "Яндексе".
Приглашаются студенты старших курсов (начиная с третьего) и выпускники (аспиранты и молодые специалисты) инженерных специальностей с достаточной математической подготовкой. Учебная нагрузка: три раза в неделю вечерние занятия ( 15-20 часов в неделю, включая 9-12 часов занятий с преподавателями).
Занятия в Школе Яндекса начнутся с 1 сентября и будут проходить на базе Московского корпуса МФТИ.
С 2008 года организаторы представляют при необходимости общежитие, однако количество мест ограничено. Обучение в школе бесплатное.